Es handelt sich bei dem vorliegenden Material vor allem um Pharetronen. Zusammen mit diesen tritt häufig Neuropora sp. auf, ein coralliner Demospongia, und Sphaerocoelia sp., ein thalamider Kalkschwamm. Viele der Pharetronen sind auf länglichen Körpern festgewachsen, ohne daß diese immer genau bestimmt werden können. Teilweise sind allerdings noch Crinoidenstiele oder Muschelschalen zu erkennen. Es ist oft zu beobachten, daß die Pharetronen auch auf anderen Pharetronen siedeln.

Die untersuchten Schwämme sind komplett kalkig erhalten und lassen sich in fünf Morphotypen einteilen: Unterschieden werden zylindrische/halbzylindrische, dendroide Formen, kissenförmige, fächerförmige und kugelige Formen. Manche Arten, wie zum Beispiel Crispispongea expansa nehmen zahlreiche Gestalten an. Sie können gewölbt, gebogen, verbeult oder knollig sein. Viele von ihnen besitzen eine sogenannte Deckschicht (Eudea clavata, Crispispongea expansa, Crispispongea parabolis, Corynella sp., Peronidella sp., Blastinia costata, Elasmostoma frondescens). Sie umgibt selten den ganzen Schwamm, sondern ist auf die Basis beschränkt. Die untersuchten Schwämme besiedeln entweder biogenes Hartsubstrat (wie zum Beispiel Crinoidenstiele) oder bioklastischen Festgrund (verfestigtes Substrat aus Mergeln und groben Partikeln wie Schalenbruchstücken).

Charakteristisch für die Pharetronen ist die Pharetronenfaser. Sie besteht aus mehreren, die Nadeln umgebenden Hüllschichten und ist aragonitisch erhalten. Es handelt sich dabei um bis zu 20 dünne Schichten, die eine Nadel umgeben. Sie sind zwischen 3 und 10 µm schmal und können unterschiedlich aufgebaut sein. Auch innerhalb eines Individuums treten verschiedene Hüllschichtformen auf. Sie sind kein artspezifisches Merkmal. Die Hüllschichten bestehen zum Teil aus vielen dünnen Schichten, die sich konzentrisch um den Nadelquerschnitt legen, wie bei Corynella sp., Crispispongea parabolis, Enaulofungia sp., Peronidella sp., Trachyphlyctia helvelloides. Andererseits können auch nur wenige dieser dünnen Schichten vorhanden sein, wie dies bei Crispispongea parabolis und Holcospongia polita der Fall ist. Manchmal sind die Schichten auch etwas dicker und halbmondförmig. Dieses tritt vor allem bei Eudea clavata und Oculospongia sp. auf, aber auch bei Crispispongea expansa, Elasmostoma frondescens und Trachyphlyctia helvelloides auf. Wenn sich zwei Schichten je zur Hälfte um einen Nadelquerschnitt befinden und sich dies in mehreren Lagen wiederholt, dann ist dies bei Crispispongea expansa, Enaulofungia sp., Holcospongia polita und Oculospongia sp. anzutreffen. Blastinia costata, Corynella sp., Crispispongea expansa, Crispispongea parabolis, Elasmostoma frondescens, Enaulofungia sp., Holcospongia polita, Neuropora lusitanica, Neuropora spinosa, und Peronidella sp. weisen eine einzige gleichmäßig schmale Hüllschicht auf. Es kommt auch vor, daß eine unregelmäßig dünne Schicht um den Querschnitt einer Nadel liegt. Dies ist bei Blastinia costata, Corynella sp., Crispispongea expansa, Holcopongia polita und Neuropora lusitanica zu sehen.

Die Größe und Form der Spicula der einzelnen Arten sind sich sehr ähnlich. Der mittlere Nadeldurchmesser schwankt zwischen 14 µm bei Eudea clavata und 28 µm bei Blastinia costata. Die mittlere Strahlenlänge der einzelnen Strahlen ist bei dem kleinem corallinen Demospongia Neuropora spinosa am geringsten mit 53 µm. Die größten Strahlenlängen besitzt Enaulofungia sp. mit 124 µm. Die Nadelquerschnitte sind kreisförmig. Abweichungen von der Kreisform entstehen, wenn sich die Nadeln gegenseitig in ihrem Wachstum behindern aufgrund dichtgedrängten Vorkommens innerhalb der Pharetronenfasern.

Innerhalb einer Art treten die verschiedensten Spicula-Typen auf. Dominierende Spicula-Typen sind bei den Pharetronen reguläre Triactine und Caltrope. Untergeordnet treten Diactine, sagittale und stimmgabelförmige Triactine und Triaene auf. Es sind auch gebogene Diactine und irreguläre Triactine vorhanden. Bei den irregulären Triactinen kann ein Strahl viel dünner sein als die anderen beiden oder im Gegenteil auch viel dicker. Es kommt vor, daß ein oder zwei Strahlen nochmals, in einem Winkel bis zu 90° abknicken. Dieses wurde auch bei Tetractinen beobachtet. Irreguläre Triactine können auch eine T-Form annehmen oder haben drei unterschiedliche Winkel mit drei verschieden langen Strahlen. Auch Tetractine weisen verschiedene Strahlenlängen und Dicken der Strahlen auf.

Die Spicula können sich gegenseitig in ihrem Wachstum beeinflussen. Es wurden Nadeln gefunden, die an- oder ineinander gewachsen sind. Dies liegt unter anderem wohl auch an der großen Nadeldichte, die in den Pharetronenfasern herrscht. Die Spiculation kann nicht als artspezifisches Merkmal herangezogen werden.

Die untersuchten Schwämme in der Alcobaça-Formation sind mit hermatypen Korallen vergesellschaftet. Daher muß das Wasser relativ flach und klar gewesen sein. Die Wasserenergie war gemäßigt bis gering, da es keine physikalisch verursachten Sedimentstrukturen gibt.

Die Systematik der Pharetronen wird bis heute diskutiert und hat noch keine allgemeingültige Form gefunden. Die im 19. Jahrhundert aufgestellten Systematiken sind längst überholt, da den damaligen Wissenschaftlern nicht die heutigen Arbeitsmethoden zur Verfügung standen. Sie teilten die Schwämme deshalb nach anderen Gesichtspunkten, wie zum Beispiel äußeren Merkmalen, ein. Verwirrend sind auch häufige Namensänderungen. Enaulofungia sp. (Fromentel, 1860) zum Beispiel ist gleichzusetzten mit Holcospongia floriceps (Hinde, 1893). Auch Trachyphlyctia sp. (Lamouroux, 1821) und Pharetrospongia sp. (Sollas, 1877) entsprechen sich. Moderne systematische Einteilungen, wie zum BeispielHooper (1997), berücksichtigen nur die rezenten Pharetronen, zu denen die Minchinellida, Lelapiidae und Murrayonidae zählen.

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