Die Choanocytenkammer ist ein Hohlraum, der von Choanocyten umschlossen ist und deren Flagellae in den Hohlraum hineinragen. Er ist sozusagen der "Motor" des Wasserzirkulationssystems. Innerhalb der verschiedenen Klassen und Ordnungen der Schwämme unterscheiden sich die Choanocytenkammern stark in Form und Ausmaß.
Bei einigen Calcarea und Demospongiae sind die Kammern röhrenförmig. Sie können asconoid oder syconoid aufgebaut sein. Schwämme mit diesen Bauplänen gelten als weniger hoch entwickelt als die leuconoiden, weil diese Baupläne kein großes Körpervolumen erlauben. Bei Sycon sycandra (Abb. 18), einem Kalkschwamm der Unterklasse Calcaronea, können die Choanocytenkammern (CK) ein Volumen von 1x10⁷ µm³ mit einer Anzahl von bis zu 7000 Choanocyten erreichen. Die Kammern sind zwischen den einführenden Kanälen (Ke) angeordnet. Die Wand der Choanocytenkammern ist einfach gefaltet. Die Anordnung der Choanocyten auf diesen Falten, die um das Atrium (At) verteilt sind, sind charakteristisch für den syconoiden Bautyp.
Bei anderen Calcarea und Demospongiae sind die Choanocyten in kleinen sphäroidalen Kammern verteilt und werden leuconoid genannt. Diese in großer Zahl vorkommenden Choanocytenkammern besitzen ein sehr komplexes Netzwerk der ein- und ausführenden Kanäle. Dadurch ist eine bessere interne Bewässerung und Filterfähigkeit, sowie und die Möglichkeit eine größere individuelle Größe zu erreichen, gegeben.

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